R语言绘图学习教程VennDiagram绘制venn

这篇文章主要为大家介绍了R语言绘图学习教程VennDiagram绘制venn的示例详解,有需要的朋友可以借鉴参考下,希望能够有所帮助,祝大家多多进步,早日升职加薪

导读

使用VennDiagram函数包中的venn.diagram函数绘制三数据集venn图。

安装依赖包:

# venn图 install.packages("VennDiagram") library(VennDiagram) 

一、模拟输入

产生3个含200字符串的数据集

set1 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") set2 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") set3 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") set4 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") set5 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") 

sample(x, size, replace=F) # 不放回抽样

二、venn基础图

1 两个圈

venn.diagram( x = list(set1, set2), category.names = c("Set 1" , "Set 2 "), filename = 'venn.png-600', output=TRUE ) 

2 三个圈

venn.diagram( x = list(set1, set2, set3), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3"), filename = 'venn.png-600', output=TRUE ) 

3 四个圈

venn.diagram( x = list(set1, set2, set3, set4), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3", "Set 4"), filename = 'venn.png-600', output=TRUE ) 

4 五个圈

venn.diagram( x = list(set1, set2, set3, set4, set5), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3", "Set 4", "Set 5"), filename = 'venn.png-600', output=TRUE ) 

三、个性化参数调整

library(RColorBrewer) color <- brewer.pal(3, "Set3") # Chart venn.diagram( x = list(set1, set2, set3), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3"), filename = 'venn2.png-600', output=TRUE, # 输出 imagetype="png" ,  # 类型(tiff png svg) #height = 1000 ,   # 高度 #width = 1000 ,   # 宽度 resolution = 400,  # 分辨率 compression = "lzw",  # 压缩算法 # 圈 lwd = 5,  # 圈线条粗细 1 2 3 4 5 lty = 1,  # 线条类型, 1 实线, 2 虚线, blank 无线条 fill = color,  # 填充色 col = c("red", 'green', 'blue'),  # 线条色 # 数字 number cex = 2,  # 数字大小 fontface = "bold",  # 加粗 fontfamily = "sans",  # 字体 # 标签 category cat.cex = 2,  # 字体大小 cat.col = c("red", 'green', 'blue'),  # 字体色 cat.fontface = "bold",  # 加粗 cat.default.pos = "outer",  # 位置, outer 内 text 外 cat.pos = c(-27, 27, 135),  # 位置,用圆的度数 cat.dist = c(0.055, 0.055, 0.085),  # 位置,离圆的距离 cat.fontfamily = "sans",  # 字体 rotation = 1  # 1 2 3 旋转确定大打头数据集 ) 

四、保存

1 绘图待保存

library(RColorBrewer) p = venn.diagram( x = list(set1, set2, set3, set4, set5), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3", "Set 4", "Set 5"), # filename = 'venn.png-600', filename = NULL, output=TRUE, fill = brewer.pal(5, "Set2"), col = brewer.pal(5, "Set3"), fontface = "bold", cat.col = brewer.pal(5, "Set3"), cat.fontface = "bold" ) 

2 保存为PDF

pdf("venn-pdf.pdf") grid.draw(p) dev.off() 

3 保存为PNG

png("venn-png.png-600") grid.draw(p) dev.off() 

更多参数:

col = NA  # 边框设为无色 

参考:

https://r-graph-gallery.com/venn-diagram.html

venn网页工具:

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

enn.diagram函数文档:

https://www.rdocumentation.org/packages/VennDiagram/versions/1.6.20/topics/venn.diagram

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